Endomysiale Antikörper sind Autoantikörper und treten im Zusammenhang mit einer glutensensitiven Enteropathie (Zöliakie) auf. Diagnoseweisend ist der Nachweis von Endomysium-Antikörpern der Klasse IgA. IgG-Antikörper haben zwar eine geringere Sensitivität und Spezifität. Sie bieten jedoch bei dem in diesem Patientenkollektiv nicht seltenen IgA-Mangel den entscheidenden Hinweis auf die Erkrankung.